שמירה על כושר גופני הנה ערך בסיס במכינה עם וללא קשר לתהליך ההכנה לצה”ל.
במהלך השבוע מתקיימים שני אימוני ספורט מלאים באורך של שעה וחצי כל אחד וריצה קבוצתית אחת לשבועיים. האימונים מתקיימים לבנים ולבנות בנפרד ומותאמים לרמות הכושר הגופני השונות וליעד הגיוס.
על כל מערך האימון הגופני מופקדים מדריך ומדריכת כושר קרבי מוסמכים האחראים על בניית תכניות לקבוצות האימון השונות, התאמת תכנית אישית לחניכים הרוצים בכך, מעקב ופיקוח על מכלול הפעילויות ועל מדדי הכושר הגופני לאורך השנה.
לקראת ימי הסיירות והגיבושים נערכים סימולציות וימי הכנה מיוחדים לאותם חניכים המיועדים לימים אלה.